Аспирантура ИМКЭС СО РАН открыта в 1998 г. В настоящее время осуществляется обучение по основным образовательным программам высшего образования – программам подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре в очной форме обучения.
К освоению программ подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре допускаются лица, имеющие образование не ниже высшего (специалитет или магистратура). Срок получения образования составляет 3-4 года.
Прием физических лиц в аспирантуру ИМКЭС СО РАН осуществляется в соответствии с Государственным заданием и контрольными цифрами приема граждан.
В институте имеется библиотека, содержащая в своих фондах учебно-методическую литературу и научные периодические издания по профилю подготовки аспирантов.